Pošto nema odgovora, da probam…
Vlastite imenice u figurativnoj upotrebi generalno zadržavaju veliko slovo: ući u Šengen, studirati po Bolonji. Štaviše, može se posmatrati i da je Šengen skraćenje vlastitog imena Šengenski sporazum a Bolonja od Bolonjska deklaracija, pa otud argument više za pisanje velikim slovom.
Što se navodnika tiče, u t. 168(4) Pravopisa se navodi da se Navodnicima izdvajaju… i figurativna značenja opštih pojmova — naročito ako postoji mogućnost zabune zato što je kao ime primenjena reč ili izraz koji imaju i drugo značenje, ali zatim i da se mogu izostaviti ako veliko slovo na početku naziva, kontekst ili drukčiji tip štamparskog slova osiguravaju tačno shvatanje i jasnoću teksta. Dakle, treba primeniti sopstveni osećaj.
Ja bih pisao "mali Šengen", sa navodnicima, jer je reč o novoskovanom izrazu za još nepostojeći sporazum koji nije još ušao u širi diskurs, ali generalno Bolonja bez navodnika, jer je ovaj izraz opšteprihvaćen i generalno ne može stvoriti zabunu.