Свакако је на првом слогу акцент. Мислим да неки речници дају и тако, с дужином, али је (макар у Србији) већински изговор с кратким другим слогом ка̀тедра (уз непренесено кате̏дра). У РСЈ је ка̀тедра (ка̀те̄дра).
Етимолошки нема оправдања за е̄, пошто је у грчком (и латинском, који је преузео) е кратко.